复合肥肥效长，注意使用量和时间。经过加工造粒的复合肥比粉末肥分解缓慢，不易流失和挥发，肥效持续时间长，易做底肥使用，一般亩用量为30-40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，避免贪青徒长。
复合肥分解较慢，注意与单质氮肥配合使用。作物幼苗期需要氮肥量较少，因此，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充氮肥，以满足作物营养需要。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。市场上有高、中，低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%-30%之间，中浓度在30%-40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济，高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，品质优，残渣少，利用率高。
复合肥浓度较高，注意避免种子与肥料直接接触或种肥混合使用。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗，甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5-10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶莱类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。